Il Gran premio di Malesia prende il via con mezz’ora di ritardo rispetto all’orario fissato. Il violento temporale che si è abbattuto sul circuito di Sepang ha costretto i piloti ai box, la gara ha preso il via dopo che i commissari hanno ritenuto garantite le condizioni di sicurezza. Si parte con nuvoloni di acqua che si sollevano dalla pista. Iannone, partito dalla undicesima casella e dopo il primo giro perde due posizioni. Il tempo però di prendere confidenza con le condizioni del tracciato e il pilota vastese compie un paio di sorpassi che lo portano in decima piazza.
E’ Simon a guidare la gara, seguito da Smith e Rea, terzetto inedito in testa ad un gran premio di Moto 2. La pista è ancora molto bagnata in alcuni punti, anche se ci sono curve in cui i raggi di sole che fanno capolino tra le nuvole fanno sì che l’asfalto si asciughi. Una situazione che aumenta in grado di difficoltà, in quanto i pneumatici da bagnato rischiano di deteriorarsi nei tratti asciutti.
Al terzo giro un super Iannone piazza il giro veloce, con ben sei decimi di vantaggio rispetto ai piloti di testa, scavalcando i piloti che lo precedono e piazzandosi settimo. Cambia il trio di testa con Alex De Angelis che comanda la gara, seguito dagli specialisti della pioggia Rea e West. Iannone subisce l’attacco del malese Syahrin, evidentemente molto preparato per queste condizioni di gara e che fa il giro più veloce della gara.
Marquez, a caccia del titolo mondiale, è sesto, con il suo rivale diretto Espargaro in 12esima posizione e con tempi molto lontani dal rivale. Meno 14 giri alla fine e pista che inizia ad asciugarsi in più tratti, anche se il cielo sembra minacciare nuovamente pioggia. Iannone è ancora in 8ª posizione, a qualche metro di distanza dai piloti che lo precedono, Marquez e Simon.
Quando di giri alla fine ne mancano 12, in testa alla gara c’è un quintetto che si scambia le posizioni curva dopo curva. Più indietro Simon, Marquez e Iannone, con lo spagnolo leader del mondiale che è tranquillo nella sua posizione e Iannone che non riesce ad attaccarlo per guadagnare posizioni.
La pioggia torna a bagnare il circuito malese e i piloti che si danno battaglia, fino a quando l’idolo di casa Syahrin va prendersi la testa della gara mandando in visibilio il pubblico sulle tribune. Iannone e Marquez cercano di rientrare sulla coppia Simon-Luthi. Il pilota vastese ha una motivazione in più perché Luthi lo insegue in classifica mondiale e potrebbe soffiargli il terzo posto.
Andrea Iannone riesce a superare Marquez quando mancano otto giri dalla fine e la pioggia sul circuito di Sepanga torna ad essere insistente. Dalla ruote posteriori delle moto si alzano nuovamente nuvoloni d’acqua. Marquez, dopo aver attaccato e sorpassato Iannone, perde il controllo della moto e finisce rovinosamente a terra. Zero punti per lui che non riesce neanche a ripartire e festeggiamenti per il mondiale da rimandare ala prossima gara, nel gran premio d’Australia a Philip Island.
Mentre era impegnato in una grande rimonta per riagganciare i piloti di testa Luthi scivola e finisce fuori dal tracciato. Notizia positiva per Iannone che guadagna una posizione, ora è sesto, e incrementa il suo vantaggio in classifica mondiale. Meno di tre giri dalla fine e i piloti guidano in quella che somiglia più ad una piscina che ad una pista. Bandiera rossa e posizioni congelate. Iannone cade, ma essendo in regime di bandiera rossa la sesta posizione che aveva sul traguardo viene conservata. Vince De Angelis, seguito da Rea e Simon. Andrea Iannone chiude sesto e incrementa il suo vantaggio mondiale.
Ora la classifica iridata vede Marquez sempre in testa a 283 punti, Espargaro a , Iannone a 188 e Luthi a 177.